Caractérisation phylogénétique du virus de la maladie de Carré chez les chiens errants de la vallée de Katmandou

Virology Journal volume 20, Article number: 117 (2023) Citer cet article

3 Altmétrique

Détails des métriques

La maladie de Carré est une maladie très contagieuse, souvent mortelle, causée par le virus de la maladie de Carré (CDV) chez les chiens domestiques et les carnivores sauvages. Le virus a provoqué des épidémies massives chez les carnivores sauvages et captifs à haute valeur de conservation tels que les tigres, les lions et les léopards. Par conséquent, comprendre et gérer les épidémies de CDV est particulièrement important au Népal, qui abrite de nombreuses espèces de carnivores sauvages menacées, notamment des tigres, des léopards, des léopards des neiges, des dholes et des loups, et contient également une importante population de chiens errants. Des études antérieures ont suggéré que le CDV pourrait constituer une menace pour les carnivores sauvages, mais il n'y a eu aucune étude caractérisant les souches génétiques du virus circulant chez les carnivores du Népal. Nous avons collecté des échantillons biologiques invasifs et non invasifs de chiens errants dans la vallée de Katmandou et caractérisé génétiquement les souches de CDV chez les chiens pour appartenir à la lignée Asia-5 en utilisant une analyse phylogénétique. La même lignée contenait également des souches de CDV séquencées à partir de chiens, de civettes, de pandas roux et de lions en Inde. Sur la base de notre analyse phylogénétique, nous pensons qu'il est probable que le CDV soit maintenu tout au long du cycle sylvatique chez les carnivores sympatriques, ce qui permet les débordements et les épidémies récurrents. Il est crucial d'empêcher la transmission du virus des hôtes réservoirs à d'autres espèces, en particulier les populations menacées de grands carnivores au Népal. Par conséquent, nous recommandons une surveillance régulière des CDV ciblant les carnivores sauvages en plus des chiens domestiques.

La maladie de Carré est une maladie très contagieuse, souvent mortelle, causée par le virus de la maladie de Carré (CDV). Le CDV est un virus à ARN enveloppé simple brin appartenant au genre Morbillivirus de la famille des Paramyxoviridae [1]. La maladie est transmise par aérosol et provoque des symptômes respiratoires, gastro-intestinaux et nerveux caractéristiques chez les chiens domestiques infectés (Canis lupus familiaris) et les carnivores sauvages [1,2,3]. Bien que souvent considéré comme une maladie canine, le CDV a été signalé chez presque tous les membres de l'ordre des carnivores, ainsi que chez certains primates et ongulés. Il est important de noter que le CDV est connu pour provoquer des épidémies massives chez les carnivores sauvages à haute valeur de conservation. Par exemple, les épidémies de CDV ont causé une mortalité massive de lions d'Afrique (Panthera leo leo) dans le parc national du Serengeti et de lions asiatiques (Panthera leo persica) dans le parc national de Gir [4,5,6]. De même, le CDV a été isolé chez des tigres de l'Amour (Panthera tigris altaica) et des léopards de l'Amour (Panthera pardus orientalis) décédés dans l'est de la Russie [7, 8]. On a également découvert que la maladie infectait des tigres et des léopards en captivité dans des zoos aux États-Unis, ainsi que des animaux d'élevage comme des visons, des furets et des martres aux États-Unis et en Europe [9, 10]. Ces dernières années, ces épidémies ont indiqué que les lignées émergentes de CDV ont élargi la gamme d'hôtes de la maladie [11].

Comprendre et gérer les épidémies de CDV est particulièrement important au Népal, qui abrite de nombreuses espèces de carnivores sauvages menacées, notamment des tigres, des léopards, des léopards des neiges (Panthera uncia), des dholes (Cuon alpinus) et des loups (Canis lupus chanco), et a également un grande population de chiens errants [12]. De plus, une récente étude de sérosurveillance sur les félidés sauvages au Népal a confirmé l'exposition au CDV sur les tigres et les léopards, où plus d'un tiers des grands félins testés étaient symptomatiques et trois sont morts peu après avoir été échantillonnés [13]. De même, des études antérieures ont montré que le CDV est répandu dans les populations de chiens errants à travers le Népal. Deux enquêtes indépendantes sur les populations de chiens errants autour du parc national de Chitwan et de ses zones tampons menées en 2017 et 2019 ont identifié respectivement une séroprévalence de 17 % et 80 % des anticorps CDV [14, 15]. En 2018, une étude similaire à Manang a identifié des anticorps CDV chez 70% des chiens, tandis que 13% ont été testés positifs au dépistage RT-PCR [16]. Dans toutes les situations, étant donné que les chiens et les carnivores sauvages n'avaient jamais été vaccinés contre le CDV, la présence d'anticorps contre le CDV indiquait que ces animaux avaient été exposés et/ou infectés par le virus. En outre, ces incidences se sont produites dans ou à proximité d'importantes régions fauniques népalaises, et la proximité de chiens infectés et de populations de carnivores sauvages crée un potentiel de transmission de la maladie.

Bien que ces études antérieures suggèrent que les chiens et les carnivores sauvages avaient été exposés à des infections par le CDV, aucune étude n'a séquencé génétiquement l'ARN du virus. Pour mieux comprendre l'origine évolutive du CDV au Népal, nous avons caractérisé génétiquement le CDV à partir d'épidémies de chiens errants dans la vallée de Katmandou en 2018. Nous avons également spéculé sur le possible cycle sylvatique en cours de la circulation du CDV chez les carnivores, sur la base d'une analyse phylogénétique des lignées de CDV à travers divers hôtes en analysant les séquences accessibles au public des hôtes CDV domestiques et sauvages du monde entier.

Nous avons mené cette étude pour dépister les chiens errants pour CDV dans la vallée de Katmandou (Fig. 1). Nous avons choisi une localité densément peuplée dans le district de Bhaktapur qui est attenante à la forêt communautaire de Suryabinayak au sud (Fig. 1). La forêt communautaire de Suryabinayak est une parcelle forestière contiguë dans la périphérie sud de la vallée de Katmandou, et de nombreux carnivores sauvages comme les léopards, les civettes, les martres et les petits félins peuvent être trouvés dans les collines boisées [17].

La localité au centre du district de Bhaktapur, où des échantillons d'excréments de chiens ont été collectés pour détecter et caractériser les souches de CDV chez les chiens errants de la vallée de Katmandou

Nous nous sommes associés à des cliniques vétérinaires locales à Katmandou et à Bhaktapur pour collecter des échantillons biologiques invasifs de chiens errants dans notre zone d'échantillonnage au début de 2018 (tableau S1). Les vétérinaires praticiens locaux ont fourni des échantillons archivés (écouvillons oculaires, salivaires, fécaux ou rectaux) qui avaient été conservés congelés à partir de chiens errants suspectés d'avoir des infections CDV. Les chiens ont présenté des symptômes cliniques de maladie de Carré canine, y compris une conjonctivite, un coussinet dur, un écoulement nasal et oculaire, des convulsions ou des contractions corporelles [par ex. en 18].

Nous avons également collecté des échantillons fécaux non invasifs de chiens errants dans le centre de Bhaktapur (Fig. 1). Nous avons échantillonné les excréments de chiens dans une zone de peuplement dense du centre de Bhaktapur et utilisé un schéma d'échantillonnage stratifié pour collecter un nombre proportionnel d'échantillons dans toutes les parties de la région. Nous avons échantillonné des excréments de chiens frais dans et le long des rues entre 7 h et 9 h avant que la municipalité ne nettoie les rues. Le collecteur d'échantillons portait des gants et un masque facial pour éviter la contamination des échantillons et changeait de gants entre chaque prélèvement. Nous avons utilisé un coton-tige stérile pour tamponner la couche de mucus externe des excréments et nous avons fait tourbillonner dans un cryotube rempli de 0,5 ml de stabilisateur Trizol. Nous avons stocké les échantillons dans un congélateur à -80°C dans le laboratoire Intrepid Nepal jusqu'à ce qu'ils soient traités ultérieurement.

Nous avons vortexé les échantillons (écouvillons cliniques et fécaux) pour répartir de manière homogène les cellules dans la suspension de Trizol. Nous avons effectué une extraction d'ARN à l'aide du kit Direct-zol RNA MiniPrep (Zymo Research, USA). Nous avons effectué la synthèse d'ADNc à partir de l'éluat d'ARN à l'aide d'Invitrogen Superscript III (ThermoFisher, USA) et stocké dans un congélateur à -80 ° C jusqu'au traitement en aval.

Nous avons effectué un criblage par PCR pour le gène de la phosphoprotéine (P) du CDV en utilisant un ensemble d'amorces spécifiques au morbillivirus qui amplifie la région d'environ 390 pb du gène [19]. Les amplicons PCR ont été visualisés sur des gels d'agarose à 1,5 %, et les produits amplifiés ont été purifiés à l'aide du kit ExoSAP-IT™ (Thermofisher, USA), et les réactions de séquençage ont été réalisées dans un cycleur thermique MJ Research PTC-225 Peltier à l'aide de l'ABI PRISM® BigDye ™ Terminator V3.1 Cycle Sequencing Kits (Applied Biosystems, USA) en suivant les protocoles du fabricant. Enfin, les produits de séquençage ont été résolus sur l'analyseur génétique ABI 310 (Applied Biosystems, États-Unis) et les séquences du gène P ont été utilisées pour confirmer la présence de CDV à l'aide d'un outil blast contre la base de données Genbank.

Après avoir confirmé la présence de CDV dans les échantillons à l'aide du gène P, nous avons amplifié une partie du gène de l'hémagglutinine (H) (environ 852 pb) en utilisant une méthode d'amplicon en mosaïque [20] avec les amorces 3 F/3R et 4 F/4R, et séquencé pour la caractérisation des variantes dans les échantillons positifs. Le gène H code pour la glycoprotéine de surface virale qui assure la liaison entre le virus et les cellules hôtes. Ce gène a une variabilité génétique plus élevée que les autres parties du génome et est donc utilisé comme marqueur pour la classification de la lignée du CDV dans la plupart des études [21].

Pour caractériser la lignée des souches de CDV de chiens errants à Katmandou, nous avons comparé les séquences d'échantillons collectées pour notre étude avec toutes les lignées de CDV actuellement connues. Nous avons compilé un ensemble de données de 245 séquences complètes du gène CDV H (ci-après dénommées "séquences de référence") provenant d'au moins 26 pays différents sur cinq continents (à l'exception de l'Australie et de l'Antarctique) collectées de 1940 à 2018 (tableau S2). Cet ensemble de données comprend également des séquences de souches vaccinales et d'autres séquences de 17 lignées différentes géographiquement définies de CDV d'espèces hôtes appartenant aux familles de carnivores Canidae, Felidae, Mustelidae, Ailuridae, Procyonidae et Ursidae, qui sont accessibles au public dans la base de données NCBI GenBank. Nous avons aligné toutes les séquences de référence avec les séquences CDV du chien de Katmandou à l'aide de MUSCLE ver3.8.425 [22], et inspecté visuellement l'alignement, puis coupé et édité les séquences si nécessaire à l'aide d'AliView ver1.26 [23]. Pour la reconstruction de l'arbre phylogénétique, nous avons sélectionné le modèle de substitution de nucléotides le mieux adapté (TVM + G) basé sur le critère d'information bayésien dans jModeltest2 ver2.1.8 [24] à partir de l'ensemble de données d'alignement. Nous avons effectué une analyse phylogénétique en utilisant ce modèle et la méthode d'inférence bayésienne dans MrBayes v3.2.7 [25] avec 2 000 000 d'itérations, en échantillonnant toutes les 2 000 itérations et en rejetant les 25 premiers % comme burn-in. Nous avons visualisé et annoté l'arbre phylogénétique à l'aide de FigTree v1.4.4 [26].

Nous avons obtenu des échantillons cliniques de huit chiens symptomatiques admis dans deux cliniques vétérinaires des districts de Bhaktapur et de Katmandou. Des huit chiens, nous avons obtenu un total de 15 échantillons pour tester le CDV, y compris des échantillons oculaires (n = 7), rectaux (n = 7) et de salive (n = 1). Sept des chiens ont été testés positifs pour CDV via un ou plusieurs de ces types d'échantillons, tandis qu'un chien individuel a été testé négatif dans les échantillons oculaires et rectaux. Sur les quinze échantillons totaux prélevés, quatre échantillons oculaires et quatre échantillons rectaux se sont révélés positifs. Nous avons également collecté 44 échantillons d'excréments dans les rues de Bhaktapur, parmi lesquels seuls trois échantillons (6,8%) ont été testés positifs pour CDV via le dépistage par PCR du gène P (Fig. 1).

Nous avons déterminé les séquences partielles du gène H (~ 800 pb) à partir de cinq échantillons de CDV (quatre cliniques et une source de scat) isolés de quatre chiens et d'excréments de chien dans la vallée de Katmandou (tableau S1). À partir de l'analyse phylogénétique, les souches de CDV de chiens de la vallée de Katmandou ont été classées dans la lignée Asia-5 (Fig. 2). Cette lignée contenait également des souches de CDV séquencées à partir de chiens, de civette palmiste (Paradoxurus hermaphroditus), de panda rouge (Ailurus fulgens) et de lions asiatiques en Inde.

Arbre phylogénétique construit sur la base des 245 séquences de gènes d'hémagglutinine (H) CDV de 27 pays et 17 lignées, y compris les cinq échantillons prélevés sur des chiens (Canis lupus familiaris) au Népal, ce clade est surligné en rouge clair. L'analyse phylogénétique a été effectuée à l'aide de la méthode d'inférence bayésienne à MrBayes avec une série de 2 000 000 d'itérations, un sous-échantillonnage par 2 000 itérations et l'élimination de 25 % de l'échantillon pour le burn-in. Les extrémités de l'arbre phylogénétique sont colorées en fonction de la famille de leur espèce hôte/origine. Les vaccins CDV courants étaient surlignés en rouge, les canidés à l'exception des chiens étaient surlignés en vert, les chiens étaient en bleu, les mustélidés en violet, les félidés en orange et tous les autres étaient en noir. Les valeurs de probabilité postérieure des nœuds estimées par inférence bayésienne sont indiquées sur l'arbre

Nous avons constaté que les lignées CDV étaient principalement regroupées en fonction des régions géographiques. Chaque lignée était composée de souches isolées de diverses espèces de carnivores coexistant dans les régions géographiques respectives. Les souches virales isolées de carnivores appartenant aux Canidae et Mustelidae étaient les plus fréquentes dans toutes les lignées. La lignée Asia-5 où nos échantillons de chiens de la vallée de Katmandou se sont regroupés est un clade sœur de la lignée Africa-2 qui se composait de souches isolées de carnivores dans le paysage du Serengeti, notamment des lions d'Afrique, des hyènes tachetées (Crocuta crocuta), des chiens sauvages d'Afrique (Lycaon pictus) , le renard chauve-souris (Otocyon megalotis), les chacals (Canis aureus) et les chiens domestiques (Fig. 2).

Notre étude a caractérisé génétiquement les souches de CDV chez les chiens de la vallée de Katmandou comme la lignée Asia-5, qui a été identifiée pour la première fois en 2016, décrite par Bhatt et al. (2019) [2] de chiens en Inde. Plus tard, la même lignée s'est également avérée être la variante responsable des épidémies mortelles chez les lions asiatiques dans le parc national de Gir, dans le Gujarat, dans l'ouest de l'Inde, en 2018, qui ont causé la mort de près de deux douzaines de lions [6]. Les mêmes souches ont également été identifiées chez la civette palmiste asiatique et le panda roux ailleurs en Inde [6, 27]. Le fait que les souches de CDV trouvées chez les chiens de Katmandou soient les mêmes que celles trouvées chez les carnivores en Inde suggère que la variante Asia-5 pourrait être répandue parmi les hôtes réservoirs de la région du sous-continent indien, en particulier en Inde et au Népal. Des modèles régionaux similaires ont été identifiés dans d'autres souches de CDV dans d'autres régions (visualisées sur la figure 2). Par exemple, la variante Africa-2 a été identifiée pour la première fois comme responsable de la mort de plus de 1 000 lions d'Afrique dans le parc national du Serengeti, en Tanzanie, en 1985 [4]. La même souche a ensuite été isolée chez des chiens sauvages, des hyènes tachetées et des renards à oreilles de chauve-souris lors de l'enquête sur l'épidémie, et elle a de nouveau été détectée chez des chiens sauvages africains et des chacals des décennies plus tard [28]. De même, la variante de type arctique du CDV qui a été isolée chez des tigres de l'Amour et des léopards de l'Amour décédés en Sibérie a également été trouvée parmi les mustélidés de la région lors d'une étude de surveillance à long terme du CDV sur les carnivores sauvages en Russie [29].

Ces études suggèrent que des souches de CDV similaires ou étroitement apparentées circulent au niveau régional parmi les hôtes carnivores sympatriques. Cela nous amène à penser que le CDV chez les carnivores sauvages, tels que les léopards et les tigres, touchés par le virus au Népal [13] pourrait également appartenir à la lignée Asia-5. Selon Bodgener et al. (2023), des niveaux plus élevés de comportement de prédation par les chiens chez les léopards que chez les tigres peuvent avoir augmenté le niveau d'exposition associée au CDV chez les léopards [13]. Cependant, il est possible que les chiens ne soient pas les seuls contributeurs et qu'ils ne jouent qu'un petit rôle dans une communauté réservoir plus complexe. En Russie, on a découvert que les petits carnivores sauvages, tels que les mustélidés, étaient la source d'infection la plus probable chez les grands félins. En Tanzanie, il a également été déterminé que les chiens n'étaient pas la source directe d'infection lors de l'épidémie dans les populations de lions. Le Népal connaît actuellement des phases de développement rapides et, par conséquent, l'urbanisation et l'empiètement anthropique des habitats fauniques comblent les écarts entre les forêts et les espaces urbains. On sait qu'il existe une forte prévalence de CDV chez les chiens dans des zones fauniques importantes comme Manang, Chitwan, et récemment aussi chez les léopards et les tigres proches des espaces humains. Ces résultats justifient les futures enquêtes pour voir s'il existe une dynamique de débordement du CDV parmi les carnivores domestiques et sauvages.

Comme observé à partir de notre arbre phylogénétique CDV (Fig. 2), dans la plupart des lignées, les chiens domestiques sont l'hôte ou le réservoir CDV le plus courant. Cela est probablement dû en partie au fait que le chien est le plus facilement observé/testé. Des études ont suggéré que le CDV est principalement maintenu parmi un groupe de carnivores sauvages, peut-être de petites guildes de carnivores telles que les martres, les civettes ou les mangoustes qui sont de nature relativement résistante [29, 30], qui se transmet plus tard aux chiens errants à partir de leurs interactions qui se produisent lorsque les chiens errants attaquent ou s'attaquent aux petites espèces de carnivores. Ceci est également pris en charge dans notre arbre phylogénétique, où le deuxième hôte réservoir le plus courant parmi toutes les lignées était les mustélidés. Les espèces de la famille des Mustelidae dans notre ensemble de données phylogénétiques comprenaient le blaireau européen (Meles meles), le furet (Mustela putorius furo), le vison d'Amérique (Neovison vison), la martre à gorge jaune (Martes flavigula), la martre du hêtre (Martes foina), le pékan ( Martes pennanti), le putois d'Europe (Mustela putorius), la zibeline (Martes zibellina), la belette de Sibérie (Mustela sibirica) et le blaireau d'Asie (Meles leucurus) (tableau S2). Ces mustélidés sont principalement répartis en Asie, en Europe et en Amérique du Nord. Une étude approfondie de Gilbert et al. (2020) [29] ont suggéré que les mustélidés de la nature sibérienne pourraient maintenir le CDV au niveau local via des cycles sylvatiques dans les communautés de carnivores multi-hôtes.

Dans les pays avec de grandes populations de chiens errants comme le Népal, les chiens ont le potentiel de devenir des vecteurs CDV car ils interagissent fréquemment (attaquent/tuent) avec de petits carnivores comme les mustélidés, puis deviennent la proie de grands prédateurs. Ces dynamiques écologiques augmentent les risques de propagation du CDV et d'infection des petits carnivores aux chiens errants aux grandes espèces de carnivores ou vice-versa, qui sont déjà menacées par divers facteurs anthropiques [31]. La vallée de Katmandou est un exemple où la dynamique des retombées CDV peut être activement en cours, car l'urbanisation rapide et l'empiètement anthropique des habitats fauniques comblent les écarts entre les forêts et les espaces urbains. Un léopard mâle adulte est mort de signes cliniques compatibles avec une infection par CDV en 2021 dans la région de la périphérie ouest de Katmandou [13]. Des études antérieures qui ont prouvé l'exposition au CDV des chiens, des léopards et des tigres dans différentes parties du Népal suggèrent que ce cycle pourrait déjà être un processus en cours dans la plupart des régions du pays. En tant que tel, davantage d'études de surveillance utilisant le séquençage moléculaire sont nécessaires pour confirmer et caractériser le CDV chez les chiens et les carnivores sauvages suspectés d'être malades au Népal. En plus des carnivores, des espèces telles que les ongulés et les singes ont été infectées par le CDV dans le passé et doivent également être surveillées [11].

La plupart des efforts de surveillance se sont concentrés sur les chiens, mais il est essentiel que les futurs programmes de surveillance s'étendent aux carnivores sauvages, y compris les mustélidés, les viverridés, ainsi que les grands félins et canidés. Même si les chiens ne jouent pas un rôle direct dans le réservoir de CDV, les populations non gérées et croissantes de chiens errants peuvent constituer une menace pour la faune par la prédation, la transmission de maladies et d'autres moyens. Par conséquent, il est crucial de mettre en œuvre des programmes de stérilisation et de vaccination pour les chiens afin de relever les défis auxquels est confrontée la conservation de la faune.

Toutes les données sont incluses dans le manuscrit. Les séquences de nucléotides générées dans cette étude sont déposées dans NCBI Genbank et les accessions répertoriées dans le tableau supplémentaire S1.

Zhao J, Shi N, Sun Y, Martella V, Nikolin V, Zhu C, Zhang H, Hu B, Bai X, Yan X. Pathogenèse du virus de la maladie de Carré chez des chiens viverrins, des renards et des visons infectés expérimentalement. Antiviral Res. 2015 ;122 : 1–11.

Article CAS PubMed Google Scholar

Bhatt M, Rajak K, Chakravarti S, Yadav A, Kumar A, Gupta V, Chander V, Mathesh K, Chandramohan S, Sharma A. Analyse phylogénétique du gène de l'hémagglutinine déchiffrant une nouvelle lignée génétiquement distincte de virus de la maladie de Carré circulant chez les chiens domestiques dans Inde. Transbound Emerg Dis. 2019;66(3):1252–67.

Article CAS PubMed Google Scholar

Krakowka S, Axthelm M, Johnson G, Olsen R, Krakowka S, Blakeslee J. Pathobiologie comparative des maladies virales. Dans. : CRC Press, Boca Raton ; 1985.

Roelke-Parker ME, Munson L, Packer C, Kock R, Cleaveland S, Carpenter M, O'Brien SJ, Pospischil A, Hofmann-Lehmann R, Lutz H. Une épidémie de virus de la maladie de Carré chez les lions du Serengeti (Panthera leo). Nature. 1996;379(6564):441–5.

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Cleaveland S, Appel M, Chalmers W, Chillingworth C, Kaare M, Dye C. Preuves sérologiques et démographiques pour les chiens domestiques comme source d'infection par le virus de la maladie de Carré chez la faune du Serengeti. Microbiol vétérinaire. 2000;72(3–4):217–27.

Article CAS PubMed Google Scholar

Mourya DT, Yadav PD, Mohandas S, Kadiwar R, Vala M, Saxena AK, Shete-Aich A, Gupta N, Purushothama P, Sahay RR. Virus de la maladie de Carré chez les lions asiatiques de l'État du Gujarat, en Inde. Urgence Infect Dis. 2019;25(11):2128.

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Quigley KS, Evermann JF, Leathers CW, Armstrong DL, Goodrich J, Duncan NM, Miquelle DG. Infection à morbillivirus chez un tigre de Sibérie sauvage en Extrême-Orient russe. J Wildl Dis. 2010;46(4):1252–6.

Article PubMed Google Scholar

Sulikhan NS, Gilbert M, Blidchenko EY, Naidenko SV, Ivanchuk GV, Gorpenchenko TY, Alshinetskiy MV, Shevtsova EI, Goodrich JM, Lewis JC. Virus de la maladie de Carré chez un léopard sauvage d'Extrême-Orient (Panthera pardus orientalis). J Wildl Dis. 2018;54(1):170–4.

Article PubMed Google Scholar

Appel MJ, Yates RA, Foley GL, Bernstein JJ, Santinelli S, Spelman LH, Miller LD, Arp LH, Anderson M, Barr M. Épizootie de maladie de Carré canine chez les lions, les tigres et les léopards en Amérique du Nord. J Vet Diagn Invest. 1994;6(3):277–88.

Article CAS PubMed Google Scholar

Harder TC, Kenter M, Vos H, Siebelink K, Huisman W, Van Amerongen G, Örvell C, Barrett T, Appel M, Osterhaus A. Virus de la maladie de Carré de grands félins malades : propriétés biologiques et relations phylogénétiques. J Gen Virol. 1996;77(3):397–405.

Article CAS PubMed Google Scholar

Beineke A, Baumgärtner W, Wohlsein P. Transmission interspécifique du virus de la maladie de Carré canine - une mise à jour. Une santé. 2015;1:49–59.

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Adhikari RB, Shrestha M, Puri G, Regmi GR, Ghimire TR. Virus de la maladie de Carré (CDV) : une menace émergente pour la faune du Népal. Appl Sci Technol Annales. 2020;1(1):149–54.

Article Google Scholar

Bodgener J, Sadaula A, Thapa PJ, Shrestha BK, Gairhe KP, Subedi S, Rijal KR, Pandey P, Joshi JD, Kandel P. Virus de la maladie de Carré chez les tigres (Panthera tigris) et les léopards (P. pardus) au Népal. Agents pathogènes. 2023;12(2):203.

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Sadaula A, Joshi JD, Lamichhane BR, Gairhe KP, Subedi N, Pokheral CP, Thapaliya S, Pandey G, Rijal KR, Pandey P. Séroprévalence de la maladie de Carré et du parvovirus canin chez les chiens domestiques dans la zone tampon du parc national de Chitwan, Népal. 2022.

McDermott I, Gilbert M, Shah MK, Sadaula A, Anderson NE. Séroprévalence du virus de la maladie de Carré (CDV) dans la population de chiens en liberté (Canis familiaris) entourant le parc national de Chitwan, au Népal. PLoS ONE. 2023;18(2):e0281542.

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Ng D, Carver S, Gotame M, Karmasharya D, Karmacharya D, Man Pradhan S, Narsingh Rana A, Johnson CN. Maladie de Carré canine dans la zone de conservation de l'Annapurna au Népal - implications de l'élevage de chiens et du comportement humain pour les maladies de la faune. PLoS ONE. 2019;14(12):e0220874.

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Katuwal HB, Basent H, Sharma HP, Koirala S, Khanal B, Neupane KR, Thapa KB, Panta DB, Parajuli K, Lamichhane S. Évaluation de la faune des collines de Chandragiri, Katmandou : potentiel pour l'écotourisme. Eur J Écol. 2020;6(1):27–50.

Article Google Scholar

Creevy KE. Présentation de la maladie de Carré canine - Conditions généralisées - Merck Veterinary Manual. Dans. Edité par Corp. MSD ; 2016.

Barrett T, Visser I, Mamaev L, Goatley L, Van Bressem MF, Osterhaus A. Les morbillivirus du dauphin et du marsouin sont génétiquement distincts du virus de la maladie de Carré phocine. Virologie. 1993;193(2):1010–2.

Article CAS PubMed Google Scholar

Müller A, Silva E, Santos N, Thompson G. Origine du chien domestique du virus de la maladie de Carré chez les loups en liberté au Portugal, révélée par la caractérisation du gène de l'hémagglutinine. J Wildl Dis. 2011;47(3):725–9.

Article PubMed Google Scholar

Bolt G, Jensen TD, Gottschalck E, Arctander P, Appel MJ, Buckland R, Blixenkrone M. Diversité génétique du gène de la protéine d'attachement (H) des isolats de terrain actuels du virus de la maladie de Carré canin. J Gen Virol. 1997;78(2):367–72.

Article CAS PubMed Google Scholar

Edgar RC. MUSCLE : une méthode d'alignement de séquences multiples avec une complexité temporelle et spatiale réduite. BMC Bioinformatique. 2004;5(1):1–19.

Article Google Scholar

Larsson A. AliView : un visualiseur et un éditeur d'alignement rapide et léger pour les grands ensembles de données. Bioinformatique. 2014;30(22):3276–8.

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Darriba D, Taboada GL, Doallo R, Posada D. jModelTest 2 : plus de modèles, nouvelles heuristiques et calcul parallèle. Méthodes Nat. 2012;9(8):772–2.

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Ronquist F, Teslenko M, Van Der Mark P, Ayres DL, Darling A, Höhna S, Larget B, Liu L, Suchard MA, Huelsenbeck JP. MrBayes 3.2 : inférence phylogénétique bayésienne efficace et choix de modèle dans un grand espace modèle. Système Biol. 2012;61(3):539–42.

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Rambaut A. FigTree v1. 4. Dans. ; 2012.

Kodi H, Putty K, Ganji VK, Bhagyalakshmi B, Reddy YN, Satish K, Prakash MG. Caractérisation moléculaire basée sur le gène H d'isolats de terrain du virus de la maladie de Carré provenant de cas de gastro-entérite canine. Indien J Anim Res. 2021;55(5):561–7.

Google Scholar

Nikolin VM, Olarte-Castillo XA, Osterrieder N, Hofer H, Dubovi E, Mazzoni CJ, Brunner E, Goller KV, Fyumagwa RD, Moehlman PD. Virus de la maladie de Carré dans l'écosystème du Serengeti : adaptation moléculaire à différentes espèces de carnivores. Mol Écol. 2017;26(7):2111–30.

Article CAS PubMed Google Scholar

[ PubMed ] Gilbert M, Sulikhan N, Uphyrkina O, Goncharuk M, Kerley L, Castro EH, Reeve R, Seimon T, McAloose D, Seryodkin IV. Maladie de Carré, extinction et vaccination du tigre de l'Amour. Proc Natl Acad Sci. 2020;117(50):31954–62.

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Kapil S, Yeary TJ. Débordement de la maladie de Carré canine chez les chiens domestiques à partir de la faune urbaine. Cliniques vétérinaires : Cabinet pour petits animaux. 2011;41(6):1069–86.

Google Scholar PubMed

Adhikari B, Baral K, Bhandari S, Szydlowski M, Kunwar RM, Panthi S, Neupane B, Koirala RK. Zone à risque potentiel de mortalité anthropique des carnivores dans la province de Gandaki, Népal. Écol Évol. 2022;12(1):e8491.

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Télécharger les références

Nous remercions le Département des services de l'élevage, le Département des parcs nationaux et de la conservation de la faune et la municipalité de Bhaktapur pour nous avoir donné la permission de mener cette étude. Nous remercions le Dr Martin Gilbert de nous avoir guidés lors du développement d'essais en laboratoire de détection et de séquençage de CDV RT-PCR. Nous exprimons notre gratitude à tous les membres du personnel, stagiaires, collaborateurs de CMDN, Intrepid Nepal et Vet for Your Pet Animal Hospital qui nous ont soutenus au cours des différentes phases du projet.

Le travail en laboratoire a été soutenu par le Center for Molecular Dynamics Nepal, et le travail sur le terrain a été soutenu par Vet for Your Pet Animal Hospital. La recherche n'a reçu aucun financement externe.

Centre de dynamique moléculaire du Népal, Thapathali, Katmandou, Népal

Prajwol Manandhar, Rajindra Napit, Saman M Pradhan, Pragun G Rajbhandari, Jessie A Moravek et Dibesh Karmacharya

BIOVAC Népal, Banepa, Kavre, Népal

Rajindra Napit, Saman M Pradhan et Dibesh Karmacharya

Vétérinaire pour votre hôpital pour animaux de compagnie, Gapali, Bhaktapur, Népal

Pranav R Joshi

Hôpital vétérinaire et centre de recherche de Katmandou, Thapathali, Katmandou, Népal

Rima D Shrestha

Vous pouvez également rechercher cet auteur dans PubMed Google Scholar

PM, RN, JAM et DK ont conçu l'étude. PM, RN, JAM, PRJ et RDS ont prélevé des échantillons. RN et SMP ont effectué une analyse en laboratoire. PM et PGR ont effectué une analyse bioinformatique. PM, RN, PGR, JAM et RDS ont préparé et révisé des ébauches initiales. Tous les auteurs ont revu de manière critique et finalisé le manuscrit.

Correspondance à Prajwol Manandhar ou Dibesh Karmacharya.

Les auteurs affirment que les normes éthiques du Journal, telles qu'énoncées sur la page des directives aux auteurs, ont été respectées tout au long de l'étude. Des échantillons de chiens ont été obtenus auprès de cliniques vétérinaires privées des districts de Katmandou et de Bhaktapur au Népal qui avaient amené les chiens pour le traitement de maladies suspectes, et aucun chien n'a été spécifiquement acheté pour l'étude. L'autorisation de collecter des échantillons d'excréments de chiens à Bhaktapur a été accordée par les départements gouvernementaux et la municipalité concernés.

N'est pas applicable.

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

Springer Nature reste neutre en ce qui concerne les revendications juridictionnelles dans les cartes publiées et les affiliations institutionnelles.

Ci-dessous le lien vers le matériel électronique supplémentaire.

Libre accès Cet article est sous licence Creative Commons Attribution 4.0 International, qui autorise l'utilisation, le partage, l'adaptation, la distribution et la reproduction sur tout support ou format, à condition que vous accordiez le crédit approprié à l'auteur ou aux auteurs originaux et à la source, fournissez un lien vers la licence Creative Commons et indiquez si des modifications ont été apportées. Les images ou tout autre matériel de tiers dans cet article sont inclus dans la licence Creative Commons de l'article, sauf indication contraire dans une ligne de crédit au matériel. Si le matériel n'est pas inclus dans la licence Creative Commons de l'article et que votre utilisation prévue n'est pas autorisée par la réglementation légale ou dépasse l'utilisation autorisée, vous devrez obtenir l'autorisation directement du détenteur des droits d'auteur. Pour voir une copie de cette licence, visitez http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. La renonciation Creative Commons Public Domain Dedication (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) s'applique aux données mises à disposition dans cet article, sauf indication contraire dans une ligne de crédit aux données.

Réimpressions et autorisations

Manandhar, P., Napit, R., Pradhan, SM et al. Caractérisation phylogénétique du virus de la maladie de Carré chez les chiens errants de la vallée de Katmandou. Virol J 20, 117 (2023). https://doi.org/10.1186/s12985-023-02071-6

Télécharger la citation

Reçu : 05 février 2023

Accepté : 14 mai 2023

Publié: 06 juin 2023

DOI : https://doi.org/10.1186/s12985-023-02071-6

Toute personne avec qui vous partagez le lien suivant pourra lire ce contenu :

Désolé, aucun lien partageable n'est actuellement disponible pour cet article.

Fourni par l'initiative de partage de contenu Springer Nature SharedIt